En écrivant ses mémoires, J.-E. Robert-Houdin était conscient d'avoir eu un destin hors du commun. Il est donc difficile de savoir à quel point il a romancé le récit de sa vie. L'histoire de ses débuts de magicien est assez romanesque. Pendant son apprentissage d'horloger, il découvre la prestidigitation en prenant par erreur le « Dictionnaire Encyclopédique des Amusements et des Sciences » au lieu d'un traité d’horlogerie. Ce livre est une véritable révélation qui l'initie aux sciences physiques et aux illusions d'optique. Dans « Confidences et révélations d'un magicien », Jean-Eugène affirme qu'il rencontre Torrini, un escamoteur, qui lui aurait sauvé la vie et révélé sa vocation d'illusionniste. Pour certains de ses biographes, cet épisode est une invention. Mais Jean-Eugène a dû côtoyer des saltimbanques pendant son « tour de France » afin d'apprendre l'escamotage et l'art de la mise en scène.

Finalement, après tant d'années à divertir son entourage avec ses tours, il parvient à ouvrir son théâtre de magie à Paris et crée ses « Soirées Fantastiques ». Lors de la première représentation réservée à ses amis, le 25 juin 1845, il fait sortir de son « Carton fantastique » de nombreux objets trop grands pour y tenir, comme une cage à oiseau. Sa notoriété croit avec la présentation de la « Seconde vue », un exercice de divination et la « Suspension éthéréenne », une lévitation très spectaculaire qu'il fait avec son fils Émile. En novembre 1846, le succès est tel qu'il faut réserver des mois à l’avance et que le Roi Louis-Philippe invite Robert-Houdin chez lui pour une représentation exceptionnelle. La révolution de février 1848 l’oblige à s’expatrier à Londres, où il se produit devant la Reine Victoria. Après une tournée en Belgique, en mai 1849 il rouvre son théâtre parisien. Mais Jean-Eugène est fatigué et il aspire à travailler plus utilement pour la science. Au début de 1853, il fait sa dernière représentation dans son théâtre qu'il cède définitivement à son successeur Hamilton.

Pour clore sa carrière de magicien, Robert Houdin fait une tournée en Angleterre, en Belgique et en Allemagne jusqu'en 1855. Pourtant, ce ne sont pas ses dernières représentations, car le 28 octobre 1855 Napoléon III fait appel à lui, pour lutter contre les marabouts arabes qui poussent la population à la révolte en Algérie. Pour la première fois, J.-E. Robert-Houdin se fait passer pour un sorcier doué de pouvoirs surnaturels. Par des tours comme celui du « Fusillé vivant » et du « Coffre lourd-léger », il passe pour le plus puissant des sorciers. L’influence des marabouts diminua sans disparaître totalement. Baudelaire pensait qu'il aurait fallu s'y prendre autrement, puisqu'il déclara : « il appartenait à une société d’incrédules d’envoyer Robert-Houdin chez les arabes pour les détourner des miracles ».